Pembuatan bokashi merupakan salah satu cara dalam mengangani limbah. Hal ini disebabkan bokashi dapat dibuat dari limbah pertanian. Salah satu contohnya adalah limbah log (media tanam) jamur. Pada saat panen jamur, media tanam ini akan dibuang begitu saja dan tidak dimanfaatkan kembali, maka kemudian dilakukan percobaan pembuatan bokashi dari limbah ini. Beberapa keunggulannya pada limbah ini adalah masih tersisa akar-akar dari tanaman jamur yang mengandung unsur hara yang dibutuhkan oleh tanaman, dapat diserap lebih baik, ramah lingkungan dan memperbaiki sifat fisik tanah.

Pupuk Bokashi ini pertama diperkenalkan oleh usaha home industry CV Cti Mandiri yang membudidayakan jamur tiram. Kemudian mereka berusaha untuk mendapatkan nilai tambah dari limbah log jamur. Limbah ini dibuat produk baru yang berguna bagi para petani. Dimana pembuatan pupuk bokashi ini cukup mudah. Limbah log jamur dicampurkan dengan kotoran ternak, dihancurkan. Kemudian dicampurkan dengan larutan EM4 + air hingga kadar air mencapai 40%-60%. Proses dilakukan dengan pengomposan. Prinsip pengomposan adalah menurunkan C/N ratio bahan organik hingga sama dengan C/N tanah (<20). Proses dekomposisi atau pengomposan berlangsung cepat yaitu pada kelembaban 40-60 persen dengan pH rendah yaitu 3-4.

Dari segi biaya, pupuk ini memiliki nilai jual yang baik dan lebih murah dibandingkan pupuk kimia. Karena materi yang digunakan berasal dari limbah, maka biaya bahan baku dapat ditekan, sehingga biaya produksi tidak besar. Harga pupuk bokashi ini rata-rata adalah Rp. 1000,00. Sedangkan harga pupuk kimia adalah sekitar Rp. 2000,00. Pupuk bokashi termasuk dalam pupuk alami, sehingga dapat diserap tanah dengan baik, dan dapat memperbaiki struktur tanah, walaupun hanya mengandung sedikit semua unsur hara yang dibutuhkan tanah. Pupuk alami ini juga dapat diterima oleh lingkungan dengan baik, karena terbuat dari alam. Pupuk kimia mengandung unsur hara yang tinggi, namun tergantung pada jenis unsur hara yang dibutuhkan. Pupuk ini dibuat oleh pabrik, pemakaian jangka panjang membuat lapisan keras tanah dan tidak dapat memperbaiki kerusakan fisik dan kimia tanah. Pupuk ini dapat merusak lingkungan karena terbuat dari bahan-bahan kimia.